RSS+Pubmed= ?

Les applications composites, ou mashups sont à la mode en ce moment.

Peut-on utiliser ces applications pour faciliter les recherches bibliographiques dans le domaine médical ?

 

Et bien, on peut le faire, et de façon assez simple, notamment en liant une recherche sur Pubmed avec un flux RSS.

C’est Philippe Eveillard qui m’a appris à le faire au cours d’une présentation faite au MEDEC 2008 en mars dernier.

J’ai donc mis pas mal de temps à me réveiller afin d’utiliser cette possibilité !

Je crois surtout que j’avais un peu surestimé la difficulté de la manipulation…

 

Tout d’abord, il faut taper une demande pertinente.

C’est l’étape la plus importante et la plus complexe. Je ne reviendrais pas dessus, notamment car je ne possède pas le sujet qui est très vaste, et que d’autres sources en parlent très bien (je pense au blogue CISMeF, notamment).

 

Disons que je m’intéresse à la médecine 2.0 et que je recherche des articles sur le sujet.

J’ai donc tapé « medicine 2.0 web ».

 

 

J’obtiens 67 résultats. J’ai essayé plusieurs mots-clefs et j’ai choisi cette alternative comme étant le meilleur compromis. Bien entendu, je peux créer autant de flux que je le désire, afin d'élargir ma veille.

En bas de page, ouvrez le menu déroulant « send to », choisissez l’option « RSS feed ».

 

 

Une nouvelle page s’ouvre et vous pouvez créer votre lien RSS.

 

 

Nouvelle fenêtre, vous trouvez le petit bouton XML tant désiré.

 

Clic gauche dessus, et le flux s’ajoute d’emblée à ma page Netvibes (mais je présume que cela marche pour d’autres agrégateurs).

 

 

Et voilà !

 

 

Maintenant, Netvibes surveille pour moi tout nouvel article indexé par Pubmed en fonction de mes mots-clefs.

 

Bon, prochain article sur Yahoo Pipes, si j'arrive à l'apprivoiser!

Le troisième carnaval des blogs médicaux.

 

Je vous l’avais annoncé, il va avoir lieu.

Du moins, quand Zeclarr et moi aurons trouvé une idée de thème…

Pour l’instant, nous avons choisi le vert comme couleur dominante de cette troisième édition et la bannière :

 

 

A bientôt pour de plus amples renseignements !

 

Changement majeur chez Kiva.

Je vous ai déjà très largement de Kiva, une organisation non gouvernementale étasunienne dont le but est de développer le micro crédit auprès de ceux qui en ont besoin, c'est-à-dire les pauvres exclus du système bancaire conventionnel.

Je ne vais pas décrire de nouveau ce système, vous trouverez sur le site de Kiva et dans la catégorie « Kiva » de ce blog toutes les explications voulues.

J’avais notamment écrit un mode d’emploi en images ici.

 

Jusqu’à présent, le prêt ne vous était remboursé qu’une fois celui-ci terminé, c'est-à-dire en général au bout de 4 à 18 mois. Et cela, même si l’entrepreneur remboursait selon des échéances mensuelles.

A partir aujourd’hui, vous récupérez vos billes à chaque échéance mensuelle honorée par l’emprunteur (information donnée en avant première ici).

 

Comme le principe est de récupérer l’argent d’un prêt, afin d’en financer un autre, cela va considérablement accélérer la rotation du système. D'ailleurs, cela a déjà commencé:

 

Stats from Kivafriends.org

Pour vous donner une idée, lorsque je me suis inscrit à Kiva en octobre 2007, les sommes prêtées atteignaient environ 16 millions de US$, elles dépassent aujourd’hui les 40 millions de US$.

 

Enfin, Kiva rassemble une communauté importante en nombre et très soudée qui se regroupe sur kivafriends.org.

Nous n’y sommes qu’une poignée de français, n’hésitez pas à nous rejoindre !

 

Un choix cornéen.

Imaginez la situation.

 

Un laboratoire pharmaceutique commercialise deux molécules qui, à vue d'oeil, semblent marcher sur la même maladie (la dégénérescence maculaire, en l'occurence).

L’une, celle qui a l’indication, coûte 2000 dollars par jour de traitement. L’autre, qui n’a pas l’indication entre 40 et 60 dollars.

La logique purement médicale voudrait que l’on mette en route un essai clinique afin de comparer ces deux molécules afin de savoir quelle est la meilleure, en terme de rapport coût/efficacité.

Le laboratoire traîne des pieds, ce qui est économiquement compréhensible.

Mais un comité sénatorial étasunien ne le voit pas de cet œil…

 

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Study outcome won't sway company on eye drug

By Kevin Freking

The Associated Press.

The Washington Post

Wednesday, August 27, 2008; 4:49 PM

 

 

 

Le bout du bic.

Coronarien ou pas ?

Quel risque opératoire ?

Epreuve d’effort ou rien ?

Quel âge peut bien avoir la fille? Est-ce sa fille?

 

Plongé dans un abîme de réflexion derrière mon bureau en contreplaqué d’attaché-vacataire du CHU, je suçote négligemment et inconsciemment le bout de mon bic noir.

J’ai pris une grande inspiration avant de reposer une nouvelle fois les mêmes questions, mais tournées différemment.

Je n’aurais pas dû.

J’ai presque inhalé le petit bouchon, me suis redressé brutalement sur ma chaise, et me suis mis à tousser bruyamment.

Le père et la fille supposés se sont regardés.

 

Je ne sais pas pourquoi, mais j’ai l’impression qu’ils étaient beaucoup moins réceptifs à ce que je leur ai raconté ensuite.

Difficile de parler de façon convaincante de risque opératoire cardiovasculaire quand on vient juste de recracher dans sa paume droite un bouchon de bic noir tout baveux avec des bruits hydro-aériques…

 

Indestructible.

Ou presque.

Cette bactérie l’est : Deinococcus radiodurans.

Je ne sais pas si elle est pathogène pour l’homme.

En tout cas, il faudra peut-être s’alarmer si elle le devient.

Certains pensent même qu’elle a une origine extra terrestre, de Mars, plus précisément.

Ca ne me semble pas si fou que cela. Sur la photo, on constate clairement qu’elle est verte…

 

 

Source: Wikipedia

Copinage et quelques réflexions.

 

Je voulais vous signaler cet article récent, « Décryptez les logos de la Toile ! » de Philippe Eveillard, publié le 03/06/08 dans la « Revue du praticien médecin générale », mis à jour le 23/08/08 et disponible gratuitement sur NePHROHUS.

Cette évolution, du payant-papier au gratuit-en ligne n’est pas sans m’évoquer cette présentation, du même auteur.

 

J’ai lu cet article en ligne arrive exactement au moment où je me suis intéressé à la syndication et au partage, c'est-à-dire ce dimanche.

Certains ont pu le remarquer, j’ai rajouté en haut de la colonne de gauche deux boutons permettant l’utilisation de sites de partage et de syndication tels que Delicious, Netvibes, Digg, Bloglines…

 

La seconde partie de l’article concerne « Creative Commons ».

 

 

 

Vous trouverez aussi ce logo dans ma colonne de gauche. Philippe Eveillard constate que je suis le seul à l’utiliser dans la blogsphère médicale française.

Je n’en tire aucune fierté, d’autant plus que l’adhésion à ce contrat n’en est pas une.

« Creative Commons » ne réaffirme pas une « propriété intellectuelle » qui va de soi, mais précise simplement quelles sont les conditions selon lesquelles j’autorise l’utilisation des textes publiés dans ce blog.

 

Je rappelle ces conditions :

 

« Vous êtes libres de reproduire, distribuer et communiquer cette création au public.

 

Selon les conditions suivantes :

 

Paternité. Vous devez citer le nom de l'auteur original de la manière indiquée par l'auteur de l'oeuvre ou le titulaire des droits qui vous confère cette autorisation (mais pas d'une manière qui suggérerait qu'ils vous soutiennent ou approuvent votre utilisation de l'oeuvre).

 

Pas d'Utilisation Commerciale. Vous n'avez pas le droit d'utiliser cette création à des fins commerciales.

 

Pas de Modification. Vous n'avez pas le droit de modifier, de transformer ou d'adapter cette création. »

 

 

 

 

Je pensais que c’était assez clair, et que « Creative Commons » était assez répandu pour que tout le monde comprenne cette philosophie.

 

Mais l’article de NePHROHUS et une petite histoire qui m’est arrivée ce dimanche, décidemment chargé, m’ont fait comprendre qu’il n’en était rien.

 

J’ai remarqué qu’un lien menant sur une de mes notes provenait de la page d’un catalogue de vente de livres par correspondance.

Les auteurs de cette page ont « agrégé » les notes de plusieurs blogueurs (médicaux,, en l'occurence puisque l'agrégation est contextuelle avec les bouquins mis en vente) dont une des miennes.

 

Copie d'écran du site le 24/08/08.

 

Aucune attribution de paternité, une utilisation commerciale, puisque adossée à un catalogue de vente par correspondance, et cerise sur le gâteau, une modification de la note initiale ("obsessionnels-inquiets" devenus "obsess").

 

J’ai donc écrit à l’administrateur qui a promis de retirer mon blog de ce flux, et m’a précisé que cette page était une page de test.

 

Peut-être que je pinaille beaucoup. En fait, je ne sais pas trop. Mais cette utilisation me gène, contrairement à celle qu'en fait par exemple Opimed et son agrégateur "Sedna" qui utilise aussi une partie de mes notes.

Cette histoire m’a fait toucher du doigt l’importance de préciser, et repréciser en cas de mauvaise compréhension mes conditions d’utilisation de mes notes (je n’utilise pas le terme «d’œuvre » que je trouve très prétentieux).

Malheureusement, il faut bien le dire, les créateurs de contenu sur le net sont une cause majeure de ce manque de considération pour le travail d’autrui.

J’en fais partie, car j’utilise souvent des œuvres sans demander d’autorisation aux auteurs, quoique j’en attribue toujours la paternité. J’essaye tout de même autant que possible de piocher dans les œuvres libres de droits, notamment dans Wikipédia.

Est-ce que le fait que je n’utilise pas ces œuvres dans un but commercial (« Grange Blanche » ne me coûte rien, et ne me rapporte rien) suffit à me dédouaner de toutes les contraintes de l’utilisation de la propriété intellectuelle d’autrui ?

Je ne le pense pas, et cette histoire d’agrégateur m’a fait réfléchir.

 

N'hésitez pas à commenter et préciser.

 

 

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Modification du 26/08/08, 10h30: petite remarque pour Philippe Eveillard, si il passe par ici,  je viens de me rendre compte qu'Opimed est aussi écrit sous licence CC.

 

Cocorico ?

Encore une publicité directe destinée au consommateur étasunien.

Mais cette fois, le produit, le zolpidem, est commercialisé par Sanofi-Aventis, un laboratoire bien de chez nous.

Un coq pour un labo français, c’est assez drôle.

 

Le site web est grandiose (presque autant que celui de "Lincoln et son castor"), je vous conseille « Play the game » en haut de la page et au centre.

Sanofi-Aventis a aussi utilisé Youtube pour diffuser son message via cette chaîne.

Dans les abonnés à cette chaîne, vous reconnaîtrez John Mack qui est l’administrateur de l’excellent Pharma marketing Blog, d’où je tiens cette histoire.

 

Finesse (2).

J’avais déjà évoqué l’histoire de ce patient.

 

Un des points cruciaux de la consultation était l’estimation en échographie cardiaque de sa pression artérielle pulmonaire moyenne, afin de savoir s’il pouvait bénéficier d’une greffe hépatique. Pas systolique, pas diastolique, moyenne.

En pratique courante, hors consultation HTAP spécialisée, comme la plupart d’entre nous (j’imagine), je ne la calcule pas.

Je me suis donc rué en pleine consultation sur Google pour retrouver la formule, avec le portable coincé entre l’épaule gauche et l’oreille ipsilatérale  pour le fameux « appel à un ami cardiologue».

Finalement, à tous les trois, nous avons retrouvé deux formules.

Ces deux formules me donnaient un même résultat : PAPmoy= 27 mm Hg.

 

J’ai bien entendu conseillé au service de greffe de faire un cathétérisme droit pour confirmer ou non ce chiffre.

 

 

J’ai trouvé ce matin un double de ce cathétérisme : PAPmoy=33 mm hg.

 

Et bien j’étais particulièrement fier de moi.

J’ai fait abstraction du hasard dont j’ai peut-être bénéficié, et j’ai poussé sous le tapis les beaucoup moins flatteurs 18.18 points de cette différence rapportée sur cent pour m’accorder 10 minutes de louanges silencieuses.

Enfin, pas tout à fait silencieuses, car je me suis de nouveau rué sur mon portable pour clamer cette bonne nouvelle à mon ami cardiologue qui a aussi contribué à ce succès. Nous étions fiers de nous.

 

Je suis content de moi, je suis cardiologue. Truisme.

 

 

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Pour les abonnés :

 

C.Selton-Suty, B. Popovic, L. Freysz, A. Chodek, F. Chabot, Y. Juillière. Intérêt de l'échocardiographie dans l'hypertension artérielle pulmonaire. Annales de Cardiologie et d'Angéiologie, Volume 56, Supplement 3, September 2007, Pages S112-S122

Let’s talk about stats (2).

Il y a pas mal de temps, j’avais écrit ce billet sur les essais de non infériorité, et les risques de mauvaise interprétation clinique induits par leurs spécificités statistiques.

Depuis, j’ai lu plusieurs articles qui m’ont permis de corriger et d’affiner très partiellement mes idées sur le sujet.

Comme j’ai constaté que le théorème de Bayes vous a intéressé, et que la compréhension d’un minimum sur les statistiques biomédicales me semble fondamental pour optimiser sa pratique médicale, je vais donc essayer de faire une petite note de synthèse sur ce sujet.

Comme d’habitude, n’hésitez pas à commenter pour critiquer et enrichir le sujet.

 

Un test de « non infériorité » permet, comme le précisent Michel Cucherat et Eric Vicaut « de montrer que l’efficacité d’un nouveau traitement n’est pas trop inférieure à celle du traitement de référence, mais pas de conclure à la stricte équivalence d’efficacité ».

 

Imaginons une maladie X qui possède un paramètre mesurable pertinent pour l’évaluation de son pronostic.

Imaginons un traitement de référence, R, parfaitement connu (il a donc notamment été testé avec succès contre un placebo), et un traitement nouveau N en cours d’évaluation.

 

Comment comparer ces deux traitement R et N ?

Il suffit de faire un test d’hypothèses pour tester leur différence D.

C’est le choix de ces hypothèses H0 et H1 (l’hypothèse alternative) qui va déterminer le type de l’essai

 

Pour les essais de non infériorité, les deux hypothèses sont les suivantes :

 

H0 : risque absolu de différence ≥marge

H1 : risque absolu de différence <marge

La non infériorité est acceptée si la limite supérieure de l’intervalle de confiance de la différence D est strictement inférieure à la limite supérieure de cette marge, ce qui est le cas dans l’exemple suivant:

 

 

Le choix de cette marge est donc un préalable absolument fondamental. Plus la marge est importante, et plus l’essai a de chances d’être « positif » pour N, mais au prix d’accepter une différence cliniquement inacceptable entre N et R.

Le malheur est qu’il n’existe pas de moyen statistique univoque pour le faire. Ce sont des critères « cliniques », et les résultats des essais préalables qui permettent de l’estimer.

Il existe tout de même un « consensus » qui oriente ce choix : la marge doit être environ égale à 50% d’une valeur égale à 95% du risque absolu de la différence entre R et un placebo.

 

Par exemple, prenons l’essai ONTARGET qui compare le telmisartan et le ramipril chez des patients à haut risque cardio-vasculaire.

Le risque relatif du ramipril par rapport au placebo dans l’étude HOPE était de 0.775. Les auteurs de ONTARGET ont choisi le 40ème percentile de cette valeur, soit 0.794 « afin de mieux estimer » l’effet du ramipril. Cela donne une valeur du risque relatif de 1.26 (soit 26% d'augmentation du risque relatif). Les auteurs de ONTARGET ont donc choisi comme marge la valeur égale à 50% de ce risque, soit 1.13 (13%).

A posteriori, ONTARGET a permis d’observer le résultat suivant :

 

 

 

Soit une différence maximale potentielle d’efficacité de 9% (borne supérieure de l’intervalle de confiance à 1.09).

 

Quoiqu’il en soit, malgré cela, les auteurs et les « leaders d’opinion » ont conclu que les deux traitements étaient identiques :

 

 

 

 

(numéro d'avril 2008 de "Consensus Cardio News")

 

Mais vous comprenez maintenant pourquoi on ne peut pas conclure à une stricte équivalence d’un point de vue statistique, car on tolère toujours dans ces essais un certain degré de perte d’efficacité.

Par contre, les cliniciens ont bien voulu sacrifier un peu d’efficacité du ramipril (potentiellement jusqu’à 9%, donc) contre une meilleure tolérance clinique pour le telmisartan et conclure in fine en « l’équivalence » des deux produits

Mais quand on veut promouvoir un article ou un produit, vaut mieux ne pas s’embarrasser de telles subtilités qui pourraient faire réfléchir le lecteur-prescripteur.

 

(même numéro d'avril 2008 de "Consensus Cardio News")

"Le telmisartan est aussi efficace (vrai si l'on accepte, justement la possibilité d'une perte  partielle d'efficacité...) et mieux toléré que le ramipril (peut-être vrai, mais la tolérance n'était ni un critère primaire, ni un critère secondaire de ONTARGET)". Evidemment, vu comme cela, le slogan devient alors beaucoup moins sexy...

 

J’ai pris ONTARGET comme premier exemple, car l’ensemble de la communauté scientifique le considère comme un « bon » essai de non-infériorité.

Maintenant, nous allons considérer une série de « mauvais » essais, la série des essais SPORTIF.

Le programme de recherche SPORTIF comparait l’efficacité de la warfarine, un antivitamine K, et le ximelagatran un inhibiteur de la thrombine dans la prévention des accidents thrombo-emboliques chez des patients en fibrillation auriculaire.

La warfarine étant le traitement de référence, le ximelagatran étant le traitement alors en cours d’évaluation. Ne le cherchez pas en pharmacie, ce traitement a été retiré du marché quelques années plus tard pour un problème de toxicité hépatique.

Ce superbe article dissèque en détail ce programme, et notamment critique sévèrement la méthodologie des essais de non-infériorité.

Les auteurs de SPORTIF sont partis d’un taux d’événements thrombo-emboliques annuels de 3.1% pour la warfarine et d’une marge de non infériorité de 2% pour la différence absolue.

Si les auteurs avaient appliqué la règle communément admise des 50% dont j’ai parlé plus haut, ils auraient dû prendre une marge de 1%.

1%, 2%, cela peut sembler peu. Mais nous raisonnons en terme de différence absolue.

Si l’on considère la différence relative tolérée par les auteurs, on obtient une marge qui est au maximum de 1.65, soit près de 65%.

Autrement dit, les concepteurs de ces essais ont estimé que le ximelagatran sera « équivalent » à la warfarine, même si cette dernière est 65% plus efficace.

Pourtant, ces essais ont été publiés dans des journaux prestigieux, le Lancet, le JACC et le JAMA.

La conclusion des auteurs de l’article publié dans le Lancet est d’ailleurs tout à fait claire :

 

 

 

 

Et la subtilité du choix de la marge, qui n'en est pas une, a été « expédiée » en 2 lignes dans l’analyse statistique :

 

 

 

 

A l’époque, les réactions ont été dithyrambiques, par exemple de la part d’un très grand nom de la cardiologie française (mondiale) le 02/04/03 :

 

« Session chair Dr Jean-Pierre L B*** (University Hospital of Besanon [sic], France) called these results a "major breakthrough" for patients with AF. "No titration, fixed dose, no control of blood coagulation is definitely a major success, a major breakthrough, and we are all eagerly awaiting the results of the SPORTIF V trial." » (source : theheart.org, voir dans les références)

 

Permettez moi cette aparté qui n'a strictement rien à voir avec le sujet, mais il est toujours très très drôle, bien qu’un peu facile et un peu cruel de rechercher sur le net les déclarations péremptoires faites à l’époque par nos grands leaders d’opinion sur telle ou telle molécule qui a fait quelques mois ou années après un flop médical retentissant.

Autre exemple du 19/03/2005, pris au hasard (même source, ici) :

 

« "Le message de RIO Europe qui recoupe celui de RIO NA est que la perte de poids se maintient, de même que la perte du tour de taille et les effets secondaires après une longue période sont pratiquement inexistants. Ils surviennent dans les premières semaines voire mois puis ils s'abaissent" a indiqué le Pr Jean-Pierre B*** à Heartwire (Centre Hospitalier Jean Minjoz, Besançon). ».

(Pour rappel, la dernière mise en garde du 05/08/08 de l’Afssaps concernant le Rimonabant.)

 

 

Mais je m’égare, revenons à nos moutons.

 

 

Par ailleurs, les auteurs de l’article du JACC estiment à 1.9% plutôt qu’à 3.1% le nombre d’évènements annuels sous warfarine selon des séries « historiques ». Ils accusent donc aussi les auteurs des essais SPORTIF d’avoir sous-estimé de près de 50% l’efficacité de la warfarine, afin, bien entendu de favoriser le ximelagatran.

Heureusement que la FDA a des experts en statistiques, car l'intervalle de 2% a quand même fait tiquer l'agence. Finalement, l'hépatotoxicité (à cette époque supposée) du ximelagatran et ces fameux 2% font faire retoquer la demande d'extension d'AMM du laboratoire concernant la fibrillation auriculaire. C'est cette même hépatotoxicité qui va finalement conduire au retrait définitif de ce produit le 13/02/2006.

 

Autrement dit, un médecin qui fait uniquement confiance à l’information parcellaire ne reprenant que la conclusion de l’article, une information généreusement apportée (pas donnée) par l’industrie pharmaceutique ou des leaders d’opinion n’a absolument aucune chance de pouvoir avoir une réflexion critique dessus.

Un médecin « lambda » qui a la volonté de lire l’article n’aura que peu de chance de mettre en cause la conclusion.

Seul un médecin avec une solide culture statistique et beaucoup de temps devant lui pourra critiquer cet article. Dans l’immense majorité des cas, ce médecin n’est pas prescripteur.

 

Je tire de tout cela deux conclusions et demi.

Primo, je jette à la poubelle de façon systématique tout article qui n’est pas de supériorité, tant leur analyse me semble complexe. Complexité à la hauteur des possibilités de bidouillage de la part des auteurs.

Secundo, il est très difficile d’être à la fois prescripteur et capable d’analyser les données scientifiques sur lesquelles, pourtant, se basent nos prescriptions.

Secundo et demi, je n’écoute jamais les leaders d’opinion.

 

 

 

Ajout du 25/08/08: merci à JPJ d'avoir relu mon texte et de m'avoir envoyé par mail ses corrections éclairées

 

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Références:

 

Vicaut E, Cucherat M. Essais de non-infériorité : quelques principes simples. Presse Med. 2007 Mar;36(3 Pt 2):531-5. Epub 2007

 

The ONTARGET Investigators. Telmisartan, Ramipril, or Both in Patients at High Risk for Vascular Events. N Engl J Med. 2008 Apr 10;358(15):1547-59

 

Kaul S, Diamond G, Weintraub W .. Trials and Tribulations of Non-InferiorityThe Ximelagatran Experience. Journal of the American College of Cardiology , Volume 46 , Issue 11 , Pages 1986 - 1995

 

Executive Steering Committee on behalf of the SPORTIF III Investigators. Stroke prevention with the oral direct thrombin inhibitor ximelagatran compared with warfarin in patients with non-valvular atrial fibrillation (SPORTIF III): randomised controlled trial. The Lancet, Volume 362, Issue 9397, 22 November 2003, Pages 1691-1698

 

Susan Jeffrey. SPORTIF III: Ximelagatran as effective as warfarin to prevent stroke in AF. theheart.org. [HeartWire > News]; Apr 2, 2003. Accessed at http://www.theheart.org/article/256561.do on Aug 24, 2008

 

 

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Pour aller plus loin sur les essais de non-infériorité :

 

 

Kleist P. Dix exigences aux études d’équivalence thérapeutique ou Pourquoi absence de preuve d’une différence ne signifie pas la même chose qu’équivalence. Forum Med Suisse 2006;6:814–819

 

Un éditorial trouvé dans la revue Minerva.

 

Mismetti P, Laporte S, Cucherat M. Les essais de non-infériorité. Médecine thérapeutique. Volume 13, Numéro 4, Juillet-Août 2007 (accès payant)

 

La lecture critique des essais cliniques par Michel Cucherat, un polycopié disponible ici (son sujet dépasse largement les essais de non-infériorité).

 

Pour les geeks fanatiques de ce type d’essais, une page permettant d’estimer le nombre de patients à inclure dans un essai de non infériorité en fonction de différents paramètres.