F1+F2+…=

Je me suis un peu amusé avec Yahoo Pipes.

Cette application, très web 2.0 est une sorte de super agrégateur qui vous permet d’effectuer une veille documentaire et de gérer des flux sur les sujets qui vous intéressent à partir de sources très diverses.

Autant vous le dire tout de suite, l’outil est très complet, mais aussi rapidement complexe à gérer si vous voulez faire des choses plus sophistiquées.

 

L’utilisation générale en est assez intuitive : vous cliquez-glissez les modules choisis dans la colonne de gauche et vous les posez sur la zone quadrillée.

Regardez cette petite vidéo qui vous expliquera les principes de base.

La documentation complète est ici.

 

Pour mon premier essai, j’ai fait simple (de toute façon, je n’avais pas le choix !).

 

Imaginons que je m’intéresse au Takotsubo.

Je désire faire une veille documentaire sur Pubmed, sur le net et sur "Grange Blanche" en particulier.

Si j’avais voulu faire une veille documentaire « simple » sur Pubmed, je me serais contenté d’utiliser la technique dont j’ai parlé hier, c'est-à-dire associer un flux RSS à une recherche.

Mais là, je désire « humer » l’air du net, en plus de faire une recherche scientifique brute.

 

On va quand même utiliser ce que j’ai raconté hier.

J’ai fait 2 recherches sur Pubmed, « Tako-Tsubo » et « Takotsubo » car, malheureusement, les deux orthographes cohabitent.

J’obtiens mes deux liens XML en cliquant gauche et en sélectionnant « Copier l’adresse du lien »

 

 

Je vais sur le site Yahoo Pipes, où je me suis préalablement enregistré avec mon compte Yahoo (ça ne marche pas avec un compte Gmail !).

Je clique sur « Create a Pipe » (en gros et en bleu tout en haut).

J’obtiens cette page, avec mes modules à gauche :

 

 

Je choisis « Fetch Feed » (j’ai un peu tâtonné) et je colle mes deux liens XML :

 

 

Je vérifie que cela marche en cliquant gauche sur le bandeau de mon module pour qu’il prenne une jolie couleur orange. Le « Debugger » apparaît en bas, il permet de savoir quelles sont les informations apportées par le module :

 

 

 

 

J’obtiens bien des références d’articles. Pour Pubmed, c’est bon.

 

Maintenant, je veux explorer l’immensité du web à la recherche de mes « Tako-Tsubo » et « Takotsubo ».

 

Je vais donc utiliser un moteur de recherche. Manque de chance, comme c’est « Yahoo Pipes », seul le moteur de recherche « Yahoo ! » est disponible. C’est de bonne guerre. Le module « Google Base » ne donne accès qu’à une petite partie du moteur de recherche de Google (à moins que je ne sache pas l’utiliser ?).

Je récupère donc le module « Yahoo ! search ».

Là, facile, je tape mes mots clefs, comme d’habitude. On peut aussi limiter sa recherche à des URL précises, mais ce n’est pas ce que je veux faire :

 

 

Petit contrôle sur le « Debugger », j’obtiens bien des résultats cohérents, tout va bien.

 

 

Maintenant, on va mettre en place une veille documentaire sur « Grange Blanche ».

Je le dis tout de suite, je n’ai pas pris la tête grosse comme une citrouille en pensant être une référence mondiale sur notre gentille petite cardiopathie.

Mais j’ai choisi mon blog car je peux modifier à volonté son contenu, et notamment créer des notes "test", dont une sur le takotsubo et voir comment Yahoo Pipes réagit.

J’ai choisi de ne pas scruter mon blog avec le moteur de recherche pour essayer un autre module, mais j’aurais parfaitement pu le faire.

 

Je récupère le module « Fetch Site Feed » et je tape mon URL:

 

 

J’obtiens ce flux sur le Debugger :

 

Mais il n’y a que le « Takotsubo » qui m’intéresse, je vais donc filtrer les résultats avec le module « Filter » que je trouve dans l'onglet "operators". Je ne désire que les notes ou le mot « Takotsubo » apparait en titre, dans le résumé, ou dans le lien.

Pour que cela marche, je vais relier les deux modules.

Petit test avec le Debugger :

 

 

 

Ca marche !

 

Maintenant, je veux tout associer : le flux filtré de Grange Blanche, la recherche via Yahoo ! et la recherche via Pubmed.

Je recherche dans la colonne de gauche l’onglet « Operators » et choisis le module « union », et hop, je branche tout le système :

 

 

J’ai un peu serré pour que tout le monde soit sur la photo, mais vous voyez le principe.

 

Comme je suis un peu joueur, j’ai rajouté un module qui va classer tous les résultats obtenus en fonction de leur date de publication, les plus récents en premier :

 

 

J’ai trouvé ce module « Sort » dans l’onglet « operators ».

 

Ensuite, il ne reste plus qu’à connecter le tout sur le dernier module, présent par défaut « Pipe Outpout ».

Je vois une grande lumière à la sortie du tube!

 

Et voilà, c’est fini !

 

 

Enfin presque, parce que vous imaginez bien que le but de toute la manœuvre n’est pas d’obtenir un joli dessin vaguement arachnoïde.

Le meilleur moment : « Run Pipe... », tout en haut.

 

 

On obtient un magnifique flux dont on peut faire ce que l’on veut (le coller dans son Netvibes, sa page Google, son blog sous forme de widget...). Par ailleurs, comme je l'ai "publié", je le partage avec qui le veut: vous pouvez le copier, le coller, le modifier...:

 

 

Seul petit regret, je n'ai pas réussi (mais cela semble complexe) à insérer une recherche sur CISMeF dans mon flux, comme l'a fait Gaétan ici.

 

Collecte, tri, hiérarchisation, partage d'informations désormais "ordonnées"...

J'ai un peu de mal à concevoir tout ce que l'on peut faire avec un outil aussi puissant, notamment, bien sûr dans le domaine de la recherche d'informations dans le domaine médical. Nous sommes devant une page blanche.

"It's a magical world Hobbes, ol' buddy...let's go exploring!"

 

 

Bill Watterson, la dernière planche de Calvin et Hobbes.

RSS+Pubmed= ?

Les applications composites, ou mashups sont à la mode en ce moment.

Peut-on utiliser ces applications pour faciliter les recherches bibliographiques dans le domaine médical ?

 

Et bien, on peut le faire, et de façon assez simple, notamment en liant une recherche sur Pubmed avec un flux RSS.

C’est Philippe Eveillard qui m’a appris à le faire au cours d’une présentation faite au MEDEC 2008 en mars dernier.

J’ai donc mis pas mal de temps à me réveiller afin d’utiliser cette possibilité !

Je crois surtout que j’avais un peu surestimé la difficulté de la manipulation…

 

Tout d’abord, il faut taper une demande pertinente.

C’est l’étape la plus importante et la plus complexe. Je ne reviendrais pas dessus, notamment car je ne possède pas le sujet qui est très vaste, et que d’autres sources en parlent très bien (je pense au blogue CISMeF, notamment).

 

Disons que je m’intéresse à la médecine 2.0 et que je recherche des articles sur le sujet.

J’ai donc tapé « medicine 2.0 web ».

 

 

J’obtiens 67 résultats. J’ai essayé plusieurs mots-clefs et j’ai choisi cette alternative comme étant le meilleur compromis. Bien entendu, je peux créer autant de flux que je le désire, afin d'élargir ma veille.

En bas de page, ouvrez le menu déroulant « send to », choisissez l’option « RSS feed ».

 

 

Une nouvelle page s’ouvre et vous pouvez créer votre lien RSS.

 

 

Nouvelle fenêtre, vous trouvez le petit bouton XML tant désiré.

 

Clic gauche dessus, et le flux s’ajoute d’emblée à ma page Netvibes (mais je présume que cela marche pour d’autres agrégateurs).

 

 

Et voilà !

 

 

Maintenant, Netvibes surveille pour moi tout nouvel article indexé par Pubmed en fonction de mes mots-clefs.

 

Bon, prochain article sur Yahoo Pipes, si j'arrive à l'apprivoiser!

Un choix cornéen.

Imaginez la situation.

 

Un laboratoire pharmaceutique commercialise deux molécules qui, à vue d'oeil, semblent marcher sur la même maladie (la dégénérescence maculaire, en l'occurence).

L’une, celle qui a l’indication, coûte 2000 dollars par jour de traitement. L’autre, qui n’a pas l’indication entre 40 et 60 dollars.

La logique purement médicale voudrait que l’on mette en route un essai clinique afin de comparer ces deux molécules afin de savoir quelle est la meilleure, en terme de rapport coût/efficacité.

Le laboratoire traîne des pieds, ce qui est économiquement compréhensible.

Mais un comité sénatorial étasunien ne le voit pas de cet œil…

 

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Study outcome won't sway company on eye drug

By Kevin Freking

The Associated Press.

The Washington Post

Wednesday, August 27, 2008; 4:49 PM